Située à un emplacement stratégique de première importance, la forteresse de Bâbalyûn permet de contrôler le delta tout en dominant le point de passage le plus commode pour traverser le Nil, à la jonction entre la Haute et la Basse-Égypte.

Lors de la conquête de l'Égypte, par le général arabe 'Amr ibn al-'As en 639, la forteresse est intégrée à la ville de Fostat tout en gardant son indépendance. Les dynasties musulmanes suivantes, les Abbassides et les Toulounides, fondent ensuite Al-Askar (750) et Al-Qataï (868) avant que l'ensemble, agrandi, prenne le nom d'Al-Qahira (la Victorieuse). Fostat et el-Qahira sont unifiées et réunies dans une seule enceinte, gardée par une citadelle, par le monarque ayyoubide Salah ed-Dîn en 1173. Fostat forme aujourd'hui le Vieux Caire.

La forteresse de Babylone s’est transformée très tôt en enclave chrétienne et juive. La plupart des vieilles églises coptes sont situées sur les ruines de la forteresse, en particulier l'église Al Moallaqa (la suspendue), construite au ve siècle sur le portail sud, d'où son nom de suspendue et l'église Saint Georges (Grecs orthodoxes), construite au-dessus d'une des tours qui surmontent le portail de la forteresse, dont elle épouse l'arrondi.