La coopération avec l’Egypte est animée notamment par l’Institut français d’Egypte, qui dispose de trois emprises (Le Caire, Alexandrie et Héliopolis).

Dans le domaine de la recherche, la présence française est notamment assurée par l’Institut de recherche pour le développement (IRD) et le Centre d’études et de documentation économiques, juridiques et sociales (CEDEJ), dont les travaux portent sur les disciplines des sciences humaines et sociales et dont les activités de recherche sont réparties en trois pôles thématiques (Gouvernance et politiques publiques ; Développement-Ville-Circulations ; Humanités numériques).

La place de premier plan de la France dans le domaine de l’archéologie en Egypte est assurée par l’Institut français d’archéologie orientale (IFAO), le Centre franco-égyptien d’études des temples de Karnak, le Centre d’études alexandrines, ainsi que plusieurs missions.

La tradition francophone a marqué les élites égyptiennes : M. Boutros Boutros-Ghali fut ainsi le premier secrétaire général de l’organisation internationale de la Francophonie, de 1998 à 2002. Au-delà des deux établissements en gestion directe et des établissements homologués, les établissements bilingues constituent le socle de la francophonie et pourvoient en étudiants les filières francophones de l’enseignement supérieur et l’université française d’Egypte (UFE), qui visent à offrir un enseignement d’excellence.

Enfin, dans le domaine technique, la France mène une importante politique de coopération en Egypte dans un grand nombre de secteurs, notamment ceux de l’administration et de la justice. La France participe ainsi chaque année à un dispositif de coopération qui permet à des hauts fonctionnaires et à des magistrats égyptiens d’être formés à l’école nationale d’administration (ENA) et à l’école nationale de la magistrature (ENM).