Trois pays ont quitté le COMESA à la demande de la RSA : le Mozambique et le Lesotho (avril 1997), puis la Tanzanie (août 1999). La Namibie est sortie de l'organisation en 2004, et l'Angola a suspendu sa participation.

La structure de base est constituée par Secrétariat Général situé à Lusaka, en Zambie : Récemment restructuré, cet organe joue un rôle consultatif et technique dans l'application du traité dont l'interprétation a été confiée à une cour de justice spéciale.

Les chefs d'Etat et de gouvernement se réunissent tous les ans. A cette occasion la présidence de l'organisation revient au pays hôte. Plusieurs autres pays sont alors invités en qualité d'observateurs ( exemple : France, RSA, Chine, Inde et Etats Unis ).

Les ministres des pays du COMESA se réunissent également à intervalle régulier au minimum un fois par an lors des sommets des chefs d'Etat ou de gouvernement.

Il existe également :

* Une Cour de justice.

* Un Comité des dirigeants des banques centrales.

* Un Comité consultatif des groupes d'intérêts.

* Un Comité intergouvernemental

• Tirer profit du membership de l'Egypte dans la zone de libre échange relevant du COMESA, pour augmenter le volume des exportations égyptiennes dans les Etats de la région, attirer davantage d'investissements étrangers pour créer en Egypte des industries en mesure de profiter de l'exemption douanière, et frayer la voie à de nouvelles chances d'emploi aux jeunes égyptiens.

• Relancer le rôle de l'Organisme de l'investissement du COMESA siégeant en Egypte, encourager les hommes d'affaires et les sociétés des secteurs public et privé à établir des projets d'investissement susceptibles de desservir les Etats du rassemblement.

• Tirer profit du membership de l'Egypte dans la Banque du COMESA pour financer l'exportation de produits égyptiens aux Etats membres de la zone de libre échange du COMESA.

• Œuvrer en vue d'élargir la zone de libre échange dans le cadre du COMESA, supprimer les exceptions et adapter les systèmes et les mesures douanières comme étape préparatoire à la création d'une union douanière groupant tous les Etats membres du groupe vers la fin de l'an 2008, tout en relançant les négociations en cours qui visent à conclure des protocoles de libre échange avec les autres groupes économiques du continent.

1- L'Egypte participe efficacement aux diverses réunions du COMESA soit au siège du Secrétariat à Lusaka ou celles accueillies par les pays membres ainsi que les réunions accueillies par l'Égypte, notamment les réunions concernant la coopération économique, commerciale, d'investissement et douanière dû à la nature économique du COMESA. Le rôle de l'Égypte n'est pas borné à la participation aux réunions, mais également à la préparation et à l'offre des séminaires, des études techniques, et des bourses pour les études techniques offertes aux stagiaires des pays du COMESA, notamment dans les domaines des chemins, de communication, du transport, de l'infrastructure, des achats gouvernementaux et autres. Il est à noter que l'Égypte accueille le siège de l'Agence régionale d'investissement, l'une des Agences annexes au COMESA.

2- L'Egypte est chargé de trois postes au Secrétariat du COMESA, dont le plus important, le poste de l'Assistant du Secrétaire Général du COMESA qu'occupe l'Ambassadeur Naglaa El Husseini, ainsi que le Directeur de l'Unité de la Technologie d'information, l'ingénieur Sherine Shoukry, et M. George Thabet à la même unité. L'Égypte est en compétition pour obtenir certains postes importants, dernièrement autorisés pour les candidats des pays membres, tel le poste de Directeur du département du commerce.

3-Au siège du Secrétariat du COMESA à Lusaka, ont été tenues les réunions du Comité gouvernemental pour les pays du COMESA, durant la période du 22 au 24 novembre 2007, où le Conseiller du ministère du commerce, M. Sayed El Bous a représenté l'Égypte, ensuite la vingt quatrième réunion des ministres du Commerce et de l'Industrie dans les pays du COMESA, le 26 et le 27 novembre 2007, où le Sous-secrétaire d'État du Commerce et de l'Industrie, M. Mamdouh Moustafa, a représenté l'Égypte et durant laquelle le rapport de la réunion renfermant les articles et les programmes du plan d'action du COMESA pour l'année suivante, a été adopté .

4- Au Secrétariat du COMESA à Lusaka, le 4 et le 5 mars 2008, est tenue la réunion du Conseil des Sages, comprenant les ministres du commerce des huit pays membres au COMESA, y compris le ministre du Commerce et de l'Industrie égyptien, M. Rachid Mohamed Rachid. Lors de la réunion, ils tiendront des entretiens avec les candidats des postes présidentiels au COMESA (poste du Secrétaire Général et son Assistant), pour en soumettre un rapport à la réunion du prochain Sommet du COMESA, prévu en mai 2008 à Harari, lors duquel la nomination des élus sera décidée.