Les relations entre l'Egypte et le Japon dans l'époque moderne de presque 150 ans, quand deux délégations des Samouraï ont visité l'Egypte à la fin de l'époque d'Ido, où ils se sont arrêtés en Egypte dans leur chemin en Europe. Ses deux visites étaient le point de départ pour la communication entre les deux pays dans l'époque moderne.

L'Egypte et le Japon jouissent des bonnes relations de fraternité dès l'annonce du Japon l'indépendance de l'Egypte en 1922. De même, les relations entre les deux pays ont continué à se développer et à s'accroitre multilatéralement et dans tous les domaines. La coopération ne s'est pas négligée seulement sur les deux domaines politiques et économiques mais aussi elle s'est prolongée pour renfermer la culture, la science et la technologie, le tourisme, les médias, le sport et les arts.

La coopération entre les deux pays ne s'est pas négligée sur la coopération bilatérale mais aussi elle s'est prolongée pour renfermer la coopération dans le domaine des relations multilatérales notamment aux grandes questions soit au cadre de l'Organisation des Nations Unies ou des autres Organisations internationales et régionales dans des questions tel que le désarmement, la maintien de paix, la protection de l'environnement, le dialogue entre les civilisations, les cultures et les religions. Ceci parvient de la réalité que les deux pays  ont une vision commune visant a réalisée un monde sécurisé et juste.